Analysis Modules

FASTA Analysis

Analyse nucleotide sequences against H37Rv reference genome. Detect SNPs, insertions, deletions and predict drug resistance.

Ready

VCF Analysis

Upload VCF files from whole-genome sequencing pipelines. Classify lineages & families and predict drug resistance.

Ready

PCR Genotyping

Operational Level I TB focus surveillance: PCR genotyping table, directed transmission graph, S_link index and official passport.

Ready

Whole-Genome Sequencing (WGS)

In-depth genomic focus analysis: batch VCF cohort, SNP distance matrix (≤5/12 SNP), drug resistance heatmap, and MTBC phylogeny.

Ready

Эпидемиологический риск территории

Оценка территориального (TERI/ИПЭР) и популяционного (GERI) риска, выявление эпидемических генотипов и лидеров экспансии по K_ex (>2.15) и типирование структуры популяции региона.

Ready

Sequence Analysis

Paste your nucleotide sequence in FASTA format or upload a file

Nucleotide Sequence Load example

Choose a file or drag & drop here

FASTA format (.fa, .fasta, .txt) or Sanger chromatogram (.ab1, .scf)

VCF Variant Analysis & Lineage Classification

Upload single-sample VCF or VCF.GZ file to classify phylogenetic lineage & family and predict WHO 2023 resistance

VCF File

Load example (Pre-XDR B0/W148) 💾

Choose a VCF file or drag & drop here

VCF format (.vcf, .vcf.gz, up to 15 MB)

Sample Name (optional)

Read Depth Filter (DP ≥ 10×) Default: 10×

Clinical standard: 10×. Variants with read depth below this threshold will be excluded from resistance and lineage calls.

TB Focus Surveillance & Passportization

Operational Level I TB focus monitoring without WGS: PCR genotyping & targeted sequencing of drug resistance genes

Cohort Analysis & Transmission Clustering

Batch upload multiple VCF files (.vcf, .vcf.gz) or an archive (.zip, .tar.gz, .tar) to analyze transmission clusters, drug resistance heatmap, and MTBC phylogeny

Cohort Files (Multiple VCFs, ZIP, or TAR.GZ)

Load example cohort (5 isolates: Cluster Ural + Beijing + LAM) 💾

Choose VCF files or ZIP / TAR.GZ archive or drag & drop here

Supported: multiple .vcf / .vcf.gz, or .zip / .tar.gz / .tar archive (up to 250 isolates, 200 MB total)

📋 Focus Metadata Table (Optional, CSV) 💾 Metadata Template

Upload CSV with columns Focus ID, Sample ID, Role, Date, Co-living, Age, Smear for Level II Focus Passportization (or include metadata.csv inside your ZIP archive)

No file chosen (optional)

Read Depth Filter (DP ≥ 10×)

Standard: 10×.

Recent Transmission Threshold (≤ 5 SNPs)

CDC / WHO standard: ≤ 5 SNPs indicates recent direct transmission.

Cluster Threshold (≤ 12 SNPs)

Standard: ≤ 12 SNPs indicates probable related epidemiological source.

Эпидемиологический риск территории (TERI / GERI / K_ex)

Интегральный показатель эпидемиологического риска территории (ИПЭР / TERI), биологический (генотипический) потенциал территории (ГИЭР / GERI), эпидемические генотипы и структура популяции MTBC.

Методология (PDF) Шаблон таблицы (.csv)

1 Таблица данных генотипирования

Поле ввода таблицы генотипирования Строки: генотип [TAB / пробел / запятая] устойчивость

Заполнить тестовый пример:

Мин. объем: 10 образцов (рекомендуется ≥30–50).

2 Выберите исследуемый субъект Российской Федерации (эпидемический фон территории): 85 регионов РФ ▾

Показатели первичной заболеваемости (I) и смертности (M) выбранного субъекта нормируются относительно общероссийского уровня (I_ref = 30.93, M_ref = 3.40 на 100 тыс.) для расчета регионального коэффициента напряженности K_epi.

Справочник весов ИПЭО и пользовательская калибровка регионов (опционально)

Готовые шаблоны калибровки: (скачайте для заполнения своими данными)

Шаблон регионов (.CSV) Полный профиль с весами (.JSON)

1. Собственная калибровка эпидемического фона регионов:

Загрузите файл CSV / TSV с показателями первичной заболеваемости и смертности на 100 тыс. населения:

Формат таблицы регионов (CSV / TSV):

iso_code,region_name,incidence,mortality
RU,Российская Федерация (среднероссийский уровень),30.93,3.4
RU-IRK,Иркутская область,64.2,8.0
RU-KEM,Кемеровская область,73.6,10.5
KZ-ALA,Алматы (Казахстан),48.0,4.2

iso_code: Код по ISO 3166-2 или уникальный ID территории. Строка с кодом RU (или REFERENCE) задает общегосударственный базовый уровень (I_ref, M_ref).
region_name: Наименование территории / субъекта.
incidence: Заболеваемость туберкулезом на 100 тыс. населения (I).
mortality: Смертность от туберкулеза на 100 тыс. населения (M).

При выборе файла список исследуемых территорий выше автоматически перестроится под ваши регионы.

2. Эталонные веса ИПЭО генотипов (wⱼ):

Базовые веса эпидемической опасности генотипов (Синьков и соавт., 2026):

Линия	Генотип	ИПЭО (wⱼ)
`L2.2.M4.5`	Beijing B0/W148	2.00
`L2.2.M4.9.1`	Beijing CAO	1.93
`L2.2.M4.9`	Beijing Central Asian	1.46
`L2.2.M4.9.2`	Beijing Clade A	1.21
`L4.2.1.1`	Ural	1.06
`L4.1.2.1`	Haarlem	0.54
`L4.4.1.1`	S	0.51
`L4.3`	LAM	0.50
`L4`	Euro-American (T)	0.50
`L3`	CAS1-Delhi	0.50
`L1`	Indo-Oceanic	0.50

Индивидуальная настройка весов генотипов: Если вы хотите переопределить веса опасности wⱼ для других популяций (например, Central Asian или европейских изолятов), используйте шаблон JSON-профиля (скачать).

Analysing...

This may take a few seconds depending on the size of the sample

Citation Sinkov VV, Kondratov IG, Ogarkov OB, Zhdanova SN, Sokolnikova NA, Khromova PA, Orlova EA, Rychkova LV, Kolesnikova LI. Online Service with Automated Interpretation of Sequencing Data and Prediction of Pyrazinamide Resistance in Mycobacterium tuberculosis. Bull Exp Biol Med. 2023 Mar;174(5):623-627. doi: 10.1007/s10517-023-05758-6. Epub 2023 Apr 11. PMID: 37040038.